Su primitivo asiento estuvo en Tepospisaloya; su fundación se remonta a la época precortesiana.

La conquista del pueblo fue en 1524, la realizó el capitán español Francisco Cortés de San Buenaventura quien vino a conquistar la provincia de Tenamaxtlán, Juchipila, Tecolotán, Ejutla y Atengo, en Tenamaxtlán dejó como encomenderos a Martín Monje y Pedro Gómez. Se asevera (por algunos historiadores) que Tepantla y Ayutla estuvieron unidos en un principio; pero surgieron divergencias entre algunas familias y se dividieron.

En 1525 predicaron la nueva fe y evangelizaron a los aborígenes fray Juan de Padilla y fray Miguel de Bolonia. Durante el virreinato perteneció a la Provincia de Avalos al igual que Autlán, Tenamaxtlán y Etzatlán.

En 1541 se impusieron tributos y tocaba dar a los de Ayutla cinco cargas de maíz, tres mantillas de henequén, cuatro gallinas y cinco jícaras; sus pobladores eran entonces cinco españoles, cien indios, siete mulatos y veintidós mestizos.

Por decreto número 191 del 2 de marzo de 1830 se cambió la cabecera del Departamento de Tepospisaloya al pueblo de Ayutla. Desde 1825 perteneció al 6° cantón de Autlán. Fue erigido en municipio el 28 de febrero de 1888.